EMPRESA DE TRANSITARIO

Tengo un cliente que se dedica al transito marítimo y aéreo, son puramente intermediarios en las operaciones, pero tengo problemas con la imputación de los conceptos de las facturas, tanto emitidas como recibidas, no sé cual es la consideración correcta de los fletes, en las facturas recibidas a su nombre por este concepto se lo facturan sin IVA ¿es un gasto para mi cliente o es un suplido ? en las facturas que reciben por este concepto hay una coletilla que dice lo siguiente " A efectos del IVA esta factura puede estar sujeta a inversión del sujeto pasivo ", tengo el mismo problema con la factura emitida ¿ es un ingreso o es un suplido ?. Tengo claro que el IVA pagado en aduanas y los derechos arancelarios son suplidos para mi cliente . Gracias por vuestra ayuda.