reparacion vehiculo con franquicia

tengo una duda con respecto a la contabilidad de unas facturas.
El taller me ha enviado dos facturas de la reparacion de un vehiculo que tenemos a todo riesgo con franquicia.
Una es del importe total de la reparacion en la que especifican el importe de la franquicia que tenemos que abonar y se lo restan al total a pagar y otra con la misma numeracion pero con una serie distinta que es solo por el importe de la franquicia exenta de iva.
Mi duda es que como las dos facturas van a nombre de la empresa y la numeracion es distinta, ¿tengo que contabilizar las dos facturas, o solo la de la franquicia que es la que voy a pagar yo?. Gracias.