Como contabilizar facturas de importacion

hola miembros, yo quisiera plantear una cuestion, que me surge, pues un operador intracomunitario aleman, realiza una venta, cuya mercancia viene de EEUU a españa. Aqui en españa se despacha el iva a la importacion con el agente que emite sus honorarios. En fin hay dos facturas una de importacion en aduana y otra del proveedor aleman que me la emite con su Numero operador intracomunitario. Y mi pregunta es como contabilizo dichas facturas, la del proveedor no puedo contabilizarla como intracomunitario porq es una operacion importacion y el otro esta claro, pero no se duplicarian los importes. gracias.